Het gebruik van biodiesel in een auto kan enkele aanpassingen of compatibiliteitscontroles vereisen. Oudere dieselmotoren hebben mogelijk aanpassingen nodig om tegemoet te komen aan de verschillende eigenschappen en smerende eigenschappen van biodiesel. Moderne dieselvoertuigen zijn echter over het algemeen tot een bepaald percentage compatibel met biodieselmengsels, zoals gespecificeerd door de fabrikant. Raadpleeg altijd de gebruikershandleiding van uw auto of raadpleeg een deskundige voordat u biodiesel gebruikt, om compatibiliteit te garanderen en mogelijke problemen te voorkomen.