* 5R110W: Een automatische transmissie met vijf versnellingen. Dit was een gebruikelijke optie.
* Handgeschakelde zesversnellingsbak: Er was ook een handgeschakelde zesversnellingsbak beschikbaar, hoewel minder gebruikelijk dan de automaat.
Om zeker te weten welke transmissie een *specifieke* F-350 Super Duty uit 2006 heeft, moet u de voertuigdocumentatie (gebruikershandleiding, raamsticker, enz.) of het voertuigidentificatienummer (VIN) controleren.