Sommige versies van de D16-motor zijn voorzien van VTEC (Variable Valve Timing and Lift Electronic Control), een technologie die de timing en lift van de motorkleppen varieert om de prestaties en het brandstofverbruik te verbeteren.
De D16-motor met VTEC wordt doorgaans de D16Z6-motor genoemd. Het werd voor het eerst geïntroduceerd in 1989 in de Honda Civic Si- en CRX Si-modellen. De D16Z6-motor produceert 125 pk en 106 pond-voet koppel.
De D16Z6-motor staat bekend om zijn soepele vermogensafgifte, hoge toerental en uitstekend brandstofverbruik. Het wordt beschouwd als een van de beste viercilindermotoren ooit door Honda geproduceerd.
