Brandstofcellen werken op waterstof, een element met een laag ontstekingspunt. Dit leidt tot een aantal bijzondere veiligheidsproblemen. Nog voordat brandstofcellen op grote schaal in auto's kunnen worden gebruikt, moet er een waterstofafgiftesysteem worden ingevoerd. Een leveringssysteem vereist een netwerk van pijpleidingen, een vrachtwagentransportsysteem, waterstofopwekkingsinstallaties en waterstoftankstations in de Verenigde Staten. Elk punt langs dit netwerk zou fysiek, chemisch en mechanisch beveiligd moeten zijn.
Zelfs het opslagsysteem in een auto met waterstof-brandstofcel zelf levert unieke problemen op. De waterstof is vrij zwaar in vergelijking met gas. Dus om een auto voldoende waterstof te laten opslaan om het conventionele rijbereik te kunnen afleggen dat wordt verwacht voor een volle tank (300 mijl of ongeveer 480 kilometer), moeten autoframes ofwel steviger zijn of moeten wetenschappers een manier vinden om een volledige waterstofbrandstof te maken celaansteker.
Brandweerlieden, medisch noodpersoneel, politie - elk type eerstehulpverlener - zullen nieuwe processen en reacties moeten ontwikkelen voor auto-ongelukken waarbij een voertuig op waterstofbrandstofcel betrokken is. Voor elk incident, op een van de punten in het waterstofnetwerk, van de auto tot de pijpleiding tot de waterstofproductie-installatie, is inderdaad een specifiek veiligheidsplan nodig dat zich bezighoudt met waterstofexplosies. Als gevolg hiervan ligt het echt bij de ingenieurs van waterstofbrandstofcellen om ervoor te zorgen dat ze een veilig en betrouwbaar systeem ontwerpen.
